Eignaskrifstofa fer með eigendafyrirsvar fyrir hönd Eignasjóðs Reykjavíkurborgar sem er einn stærsti fasteignasjóður landsins með yfir 300 fasteignir. Sjóðurinn fer með rekstur, viðhald, kaup og sölu eigna borgarinnar, svo sem lönd, lóðir og aðrar fasteignir, samgöngumannvirki og lausabúnað og fellur undir A-hluta í rekstri borgarinnar. Eignaskrifstofa er hluti af Fjármála- og áhættustýringarsviði og hefur aðsetur í Borgartúni.