Náttúrustofa Austurlands er rekin af Fjarðabyggð og Múlaþingi með stuðningi ríkis. Hún var formlega stofnuð 24. júní árið 1995, fyrst allra náttúrustofa. Frumkvæði að stofnun hafði sveitarfélagið Neskaupstaður, nú hluti Fjarðabyggðar. Árið 2008 varð Fljótsdalshérað aðili að rekstrinum. Höfuðstöðvar eru í Neskaupstað og starfsstöð á Egilsstöðum.
Náttúrustofan er þekkingar- og þjónustuaðili sem vinnur að rannsóknum, ráðgjöf og þekkingarmiðlun í tengslum við náttúrufar. Markmið hennar er að efla þekkingu á náttúru Austurlands. Stofan starfar m.a. samkvæmt lögum um Náttúrufræðistofnun Íslands og náttúrustofur nr. 60/1992 og lögum um vernd, friðun og veiðar á villtum fuglum og villtum spendýrum nr. 64/1994. Önnur lög og reglugerðir gilda einnig um starfssemi Náttúrustofu Austurlands.
Hlutverk Náttúrustofunnar er: